โรงเรียนบ้านปางเกี๊ยะ เดิมเป็นศูนย์การศึกษาเพื่อชุมชนในเขตภูเขา (ศศช.) สังกัดกรมการศึกษานอกโรงเรียน ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ.2536 โดยมีนายมนตรี สมยศ ได้ร่วมมือกับชาวบ้านสร้างศูนย์การศึกษาแห่งนี้ขึ้น ทำด้วยไม้ไผ่มุงด้วยสังกะสี ต่อมา นายกันต์ บุญลือรัตน์ ได้ดำเนินการแทนจนเสร็จ
เมื่อวันที่ 1 เดือนมีนาคม 2537 หลวงตาบุญ แห่งสำนักสงฆ์พระธาตุเขาเจ้า อำเภอพนัสนิคม จังหวัดชลบุรี นำคณะผ้าป่าสามัคคีโยมอุปฐากในจังหวัดชลบุรีบริจาคเงิน 140,000 บาท (หนึ่งแสนสี่หมื่นบาทถ้วน)เพื่อสร้างอาคารหลังใหม่ได้ตั้งชื่ออาคารว่า “ชลราษฎร์อุปถัมภ์” เป็นอาคารเรียน 4 ห้องเรียน ไม่ยกพื้น มีขนาดเนื้อที่ของห้องขนาด 8 x 8 เมตร โดยมีผู้นำและผู้รับผิดชอบ คือ นายเลาเจง แสงสรทวีศักดิ์ ผู้ใหญ่บ้านปางเกี๊ยะ นายสาคร โมลาดุก และ นายลำพูน สุขใจ เป็นครูอัตราจ้างจากศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอแม่แจ่มเป็นผู้ดำเนินการก่อสร้าง
ต่อมาในเดือนตุลาคม พ.ศ.2540 คณะกรรมการหมู่บ้านปางเกี๊ยะได้ติดต่อขอเสนอจัดตั้งให้อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ(สปช.) ต่อทางกลุ่มโรงเรียนคุรุคีรี สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอแม่แจ่ม สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดเชียงใหม่ จนได้รับการจัดตั้งเป็นโรงเรียนประถมศึกษา จากสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดเชียงใหม่ โดยอนุมัติเมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ.2540